Fino al 1618 l’unica chiesa Parrocchiale di Vedano fu San Pancrazio, pur esistendo una cappella dedicata a San Maurizio, sicuramente dal 1566. Citiamo questa data perché in quell’anno si svolse la visita pastorale più lontana nel tempo, di cui abbiamo notizia, effettuata da Padre Leonetto Chiavone, delegato di san Carlo Borromeo. Quest’ultimo, nominato cardinale ed arcivescovo a soli 22 anni da Papa Pio IV, guidò la diocesi milanese dal 1560 al 1584. Si distinse per l’applicazione pratica dei principi scaturiti dal Concilio di Trento e per la vasta opera di riorganizzazione delle strutture ecclesiastiche. In particolare esercitò sulle varie gerarchie un rigido controllo e visitò personalmente tutte le pievi della diocesi, passando di parrocchia in parrocchia.. E’ tradizione che San Carlo visitasse Vedano e che qui vi ricevesse la notizia di una vittoria navale sui Turchi. Stando ai documenti, non abbiamo una notizia certa relativa ad una visita di San Carlo, anche se questa probabilmente fu effettuata nel 1570. Sicuramente infatti il Santo visitò la Pieve del  Seprio in quell’anno e sembra che tale visita abbia interessato anche Vedano e che abbia emanato uno specifico decreto per la Parrocchia di S. Pancrazio.
Comunque nel periodo di San Carlo e nei decenni successivi, fino al 1631, quando morì il cugino, Federico Borromeo, arcivescovo dal 1595, le visite pastorali si susseguirono con un ritmo incessante, spesso ordinate dai Borromeo ed effettuate da loro delegati. Le principali a Vedano furono compiute da Padre Leonetto Chiavone nel 1566, delegato del Borromeo; dallo stesso Carlo Borromeo nel 1570; dal sacerdote Pietro Biumi nel 1580; da Bernardino Tarugi, delegato dell’arcivescovo, nel 1582; dal Prevosto di Varese nel 1597; dal  Pro- Vicario di Carnago nel 1601; dal Cardinal Federico Borromeo nel 1606; dal Pro- Vicario foraneo sacerdote Bernardino Sola, curato di Abbiategrasso nel 1610; da un anonimo, nel 1627; dal Cardinal Monti nel 1640.
L’ avvenimento ecclesiale più significativo del periodo fu la costruzione di San Maurizio e la successiva promozione di questa Chiesa a Parrocchiale. Nel 1617 gli abitanti di Vedano chiesero ed ottennero dall’ Arcivescovo l’autorizzazione di fabbricare una Chiesa al centro del villaggio, che nelle intenzioni del popolo avrebbe dovuto poi servire da Parrocchiale, perché la Chiesa di San Pancrazio era situata in “loco troppo discosto” dal paese. Il nuovo edificio sacro fu dedicato a San Maurizio ed accanto fu costruita anche una casa parrocchiale. I lavori furono completati nel 1618. Nel 1646 il Parroco di San Pancrazio, don Paolo Antonio Castiglioni, su insistenza del popolo, chiese di poter trasferire la Parrocchiale da S. Pancrazio a S.Maurizio, “già che era più maestosa e fabbricata precisamente per tale effetto”. Il 4 Luglio dello stesso anno il Prevosto di Carnago, Vicario Foraneo, visitò la nuova Chiesa e la relativa casa parrocchiale ed espresse parere favorevole per la traslazione, trasmettendo l’istanza all’Arcivescovo. Il 7 Settembre 1647 fu firmato l’atto relativo al trasporto della sede parrocchiale di Vedano nella nuova Chiesa di S. Maurizio. Sostanzialmente s’invertivano le parti: S. Pancrazio da Chiesa Parrocchiale diveniva porzionaria, mentre S.Maurizio da chiesa porzionaria diventava Parrocchiale. Ma a questo punto sorse un ostacolo inatteso: Don Francesco Molina, titolare di San Maurizio, non voleva abbandonare la sede, soprattutto la casa, per trasferirsi nella porzionaria di San Pancrazio, al punto da sollevare una reazione popolare, acquietata solo dal Vicario Foraneo. Si era nel Dicembre 1649. Il Molina continuò a mostrarsi di dura cervice, al punto che l’Arcivescovo dovette allontanarlo da Vedano: solo così fu garantita la traslazione. Parroco di S. Maurizio venne nominato don Francesco Villa, mentre don Visconti continuò a reggere la Parrocchia di San Pancrazio.